Già durante l’estate del 1972, nell’isolotto davanti a La Maddalena si notano strani movimenti che col tempo si intensificano finché il traffico di grosse navi da guerra non può più essere nascosto. Il 21 settembre la notizia si diffonde con l’effetto di una deflagrazione. Nessuno sapeva, né tra le istituzioni isolane, né in Parlamento, di un accordo segreto mai ratificato, stipulato tra l’allora Presidente del Consiglio Andreotti e gli Stati Uniti. La U.S. Navy ha ottenuto la base, non è chiaro a che titolo, se ci sia una contropartita e di che entità.
Tra luglio e agosto, approdano a La Maddalena la nave appoggio Fulton e i sommergibili della 69 Task Force della VI flotta, scortati dalla portaerei Kennedy e da un imponente dispiegamento di navi da guerra. Sono gli Usa a fare l’annuncio ufficiale: si tratta di una base per sommergibili a propulsione nucleare. I sardi, popolazione e istituzioni rimangono sconcertati, la protesta monta immediatamente e non solo dall’Isola. Ma sulle prime le risposte del Governo sono elusive e l’allora Ministro degli Esteri Medici rispondendo alle proteste del Senatore del Pci, Pecchioli arriva a negare l’esistenza di una base americana sostenendo che a Santo Stefano sia semplicemente attraccata una nave appoggio.
Col passare dei giorni emergono nuovi dettagli e si scopre che la base atomica è alle dirette dipendenze del Pentagono che si muove indipendentemente dalla Nato, in regime di piena extraterritorialità ed extragiurisdizionalità. Intanto si moltiplicano le proteste: numerosi consigli comunali sardi inviano note di dissenso, il Consiglio Regionale invia al Governo una dura nota di protesta. Cinquecento fisici riuniti a Cagliari votano una mozione contro il nucleare militare in Sardegna. Gran parte della stampa, intellettuali e scienziati dentro e fuori dai confini nazionali, manifestano la propria contrarietà.
Negli anni però le cose non cambiano e gli Stati Uniti, nonostante l’alternarsi dei governi continuano a occupare quella piccola porzione di paradiso ambientale e le conseguenze si fanno sentire pesantemente anche se le notizie non trapelano. Il 24 febbraio 1974 l’equipaggio della “nave-balia” Fulton è stato sostituito a causa di una contaminazione radioattiva. A marzo del ’74 si parlerà insistentemente della presenza di cobalto nelle acque, a novembre dello stesso anno viene denunciata su un settimanale straniero, la presenza di rifiuti radioattivi sotterrati a S. Stefano e individuati con rilevatori geiger, e sono gli stessi Stati Uniti a confermarlo, ma negano che ci siano rischi per la salute.
Nel ’76 i medici di famiglia denunciano numerosi casi di malformazioni e tumori anomali. Un’inchiesta del Corriere svela la presenza di sostanze altamente radioattive nella zona e il fatto che si tratti di un’area militare praticamente blindata, rende difficilissimi gli accertamenti scientifici, ma Greenpeace riesce a prelevare campioni e conferma la notizia. Bisognerà attendere il 25 gennaio del 2008 perché la U.S. Navy lasci definitivamente la Maddalena e ancora oggi non è dato sapere se e quanto la presenza dei sottomarini nucleari abbia danneggiato l’ambiente.